سازمان عفو بین‌الملل در گزارش خود با عنوان “اسرار به خونه آغشته؛ چرا کشتار ۶۷ جنایت ادامه‌‌دار علیه بشریت است؟” شرح می‌دهد که چگونه، در اوایل مرداد ۱۳۶۷، مقامات ایران بدون ارائه‌ی هیچ توضیحی، فعالیت‌های معمول در زندان‌های سراسر کشور را به حال تعلیق درآورده و ملاقات خانواده‌ها با زندانیان را قطع کردند. در هفته‌های بعد، آن‌ها در طی اقدامی هماهنگ دست کم پنج هزار مخالف و دگراندیش سیاسی را خارج از پروسه قضایی و به منظور تصفیه مخالفان سیاسی اعدام کردند. این اعدام‌ها بر اساس دست‌کم یک فتوای محرمانه رهبر وقت جمهوری اسلامی ایران، روح الله خمینی، صورت گرفت. این فتوا پس از حمله‌ی مسلحانه‌ی «سازمان مجاهدین خلق»، گروه مخالف مستقر در عراق که موجودیت آن در ایران غیر قانونی اعلام شده بود، صادر شد.
در سراسر ایران، مقامات زندانیان را از بندهای خود خارج کرده و با چشم‌بند نزد کمیته‌هایی متشکل از حاکمان شرع، مقامات دادستانی، ماموران اطلاعات و مسئولان امور زندان‌ها بردند. این «هیأت‌های مرگ» کمترین شباهتی به دادگاه نداشتند و روال کارشان به غایت کوتاه، سلیقه‌ای و خودسرانه بود. زندانیان، در هیچ مرحله‌ای امکان استیناف و درخواست اعاده‌ی دادرسی نداشتند.
از زندانیان پرسیده می‌شد که آیا حاضر به ابراز ندامت از عقاید سیاسی خود، محکوم کردن علنی گروه سیاسی که به آن تعلق داشتند و ابراز وفاداری به جمهوری اسلامی هستند یا خیر.
برخی با سؤالات سنگدلانه‌ای از این قبیل که آیا حاضر هستند با راه رفتن در میدان‌های مین به نیروهای نظامی کشور کمک کنند، یا در جوخه‌های اعدام شرکت کنند، مواجه شدند.
به زندانیان هرگز گفته نشده بود که پاسخ‌هایشان می‌تواند به مرگ منتهی شود. بعضی از آنان تصور می‌کردند که به «کمیته‌ی عفو» احضار شده‌اند.
اغلب قربانیان تنها دقایقی قبل از این که در برابر جوخه‌ی مرگ بایستند یا طناب دار به گردن‌شان آویخته شود متوجه می‌شدند که قرار است اعدام شوند.
اکثر قربانیان در حال گذراندن احکام حبسی بودند که سال‌ها قبل صادر شده بود. برخی از قربانیان سال‌ها بدون برگزاری محاکمه در حبس به سر برده بودند و بعضی دیگر دوره‌ی محکومیت‌شان را سپری کرده و قرار بود به زودی از زندان آزاد شوند.
اکثریت قریب به اتفاق قربانیان به دلیل عقاید سیاسی و فعالیت‌های صلح‌آمیزی چون پخش کردن نشریه و شرکت در تظاهرات به زندان افتاده بودند.
اکثر قربانیان وابسته به «سازمان مجاهدین خلق ایران» بودند، اما صدها زندانی وابسته به سازمان‌های چپ‌گرا و گروه‌های مخالف کُرد هم در میان اعدام‌شدگان بودند.